Троллейбус МТБ-82 оснащался тремя типами тормозов (не считая упомянутого выше рекуперативного — так как с его помощью нельзя замедлить троллейбус при скорости ниже 55 км/ч) — электродинамическим, пневматическим и ручным стояночным механическим. Последние два по своей сути являются приводами колодочно-барабанного тормозного механизма на обоих мостах машины. При торможении и остановке они работали в следующей последовательности: сначала троллейбус тормозился электродинамически, его кинетическая энергия трансформировалась в ТЭД в электрическую и рассеивалась в виде тепла на пускотормозных сопротивлениях. При малых скоростях электродинамическое торможение теряло свою эффективность и троллейбус дотормаживался колодочно-барабанным тормозом — колодки прижимались пневмоприводом к тормозному барабану, и за счёт силы трения оставшаяся часть кинетической энергии переходила в тепловую, нагревая барабан и колодки. Остановившийся троллейбус фиксировался на месте ручным стояночным тормозом. В случае экстренного торможения все три типа тормозов могли быть использованы одновременно.